สาหร่ายเติบโตด้วยการสังเคราะห์แสง ในกระบวนการนี้สาหร่ายจะดึงเอาคาร์บอนไดออกไซด์ ต้นตอของการเกิดก๊าซเรือนกระจกมาใช้ แล้วเปลี่ยนให้เป็นออกซิเจนแทน ปล่อยกลับสู่แหล่งน้ำ สาหร่ายจึงเปรียบเหมือนต้นไม้ในโลกบาดาล ที่ช่วยส่งเสริมคุณภาพของน้ำ และยังเป็นพืชอาหารให้กับสัตว์น้ำตัวเล็ก ๆ อย่างลูกกุ้ง ลูกปลา
สาหร่ายสีเขียวแกมน้ำเงินบางชนิด ยังสามารถตรึงก๊าซไนโตรเจนในอากาศมาเปลี่ยนเป็นแอมโมเนีย ซึ่งสามารถเป็นปุ๋ยธรรมชาติที่ใช้บำรุงต้นข้าวในนาได้
เหนือกว่านั้น ในกระบวนการบำบัดน้ำเสีย สารอินทรีย์ต่าง ๆ จะถูกจุลินทรีย์ย่อยสลายให้เล็กลงอยู่ในรูปของสารอนินทรีย์ เช่น ฟอสเฟต ไนเตรต แอมโมเนีย ฯลฯ ซึ่งสาหร่ายจะดึงเอาสารเหล่านี้ไปใช้ในกระบวนการเปลี่ยนแปลงสารอาหาร (เมแทบอลิซึม) จึงช่วยลดสารอนินทรีในน้ำลงและปล่อยออกซิเจนออกมาแทน จึงทำให้แหล่งน้ำที่สาหร่ายเจริญอยู่มีคุณภาพ
ในทางกลับกัน แหล่งน้ำที่มีสาหร่ายกินได้เกิดอยู่นั้น ต้องมีคุณภาพน้ำปานกลางถึงดีมาก หากคุณภาพน้ำแย่ สาหร่ายน้ำจืดก็จะไม่เกิด ดังนั้นหากมีสาหร่ายน้ำจืดกินได้เกิดในน้ำที่ไหน ก็เหมือนดัชนีชี้วัดว่าแหล่งน้ำนั้น ๆ มีคุณภาพดี